冷卻水在主循環泵的驅動下，沿管道以恒定的流速通過功率單元散熱器，源源不斷帶出熱量，冷卻水升溫后沿主管回路進入換熱器設備將熱量排放，降溫后的冷卻水回流至主循環泵的進口，形成一個封閉的循環冷卻系統。水冷系統控制模塊根據預設的冷卻水溫度值自動調節換熱比例，從而精確的控制水的溫度。根據冷卻容量、現場環境條件的不同，系統可以采用水—水、水—風等各種二次熱交換形式將熱量釋放到環境中。

因高壓變頻器是在高壓的環境下運行，冷卻水必須具備極高的電阻率，因此在主循環冷卻回路上并聯了去離子水處理旁路，一定比例的冷卻水流經離子交換器，不斷去除設備及管路中可以析出的離子。為保持管路的壓力恒定何冷卻水的沖滿，緩沖冷卻水因溫度變換而產生的體積變化，系統設置了緩沖及補水裝置。

水冷系統中各機電單元及傳感器PLC控制器自動監控運行，并通過操作友好界面進行簡便的就地操作。系統運行參數和報警信息條通過總線通訊及時的傳輸至主機控制器以及終端設備進行遠程監視，并可以實現遠程控制。